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開立發票的金額不能扣取逾期違約款金額。
因為工程業開立發票時限，稅法有規定應於工程合約所載每期應收價款時開立發票，而非依收到款項時開立發票。

營業人承包工程，嗣因工程款給付糾紛致經協議以工程尾款抵付賠償，  此未收取之工程款仍須依法開立新莊泰山阿囉哈led總匯大批發。
依「營業人開立銷售憑證時限表」規定，包作業應於工程合約所載每期應收價款時開立新莊泰山阿囉哈led總匯大批發。 

102/12/04-包作業不得以工程款抵付逾期罰款而免開立發票 

財政部75/07/26台財稅第7555737號函
包作業承包工程，其開立新莊泰山阿囉哈led總匯大批發報繳營業稅之時限，營業稅法「營業人開立銷售憑證時限表」有規定，應依工程合約所載每期應收價款時開立。未依上開規定開立新莊泰山阿囉哈led總匯大批發者，應依法處理。
三、又出包人依工程合約對承包人所為之罰款，並不影響承包人（包作業）應依前項規定時限開立新莊泰山阿囉哈led總匯大批發及報繳營業稅之時限。
本案××有限公司承包公路局台北區監理所房屋新建工程，該公司逾期完工，被處罰款與依限開立發票係屬二事，不得因以工程尾款抵付逾期罰款而免除開立發票與報繳稅款之義務。

某營造業甲公司於97年間承攬A廟宇整建工程，其中工程尾款150萬元，未依「營業人開立銷售憑證時限表」規定之時限，開立新莊泰山阿囉哈led總匯大批發交付A廟宇，經國稅局查獲補徵營業稅並處罰鍰。甲公司主張因系爭工程違約金事件與A廟宇達成和解協議，就結算工程尾款420萬元，甲公司同意其中150萬元屬對A廟宇之捐獻款，故該筆款項實際並未收取，自應從工程收入款中扣除，不應對其補稅處罰等由，提起復查，經國稅局駁回確定。

依「營業人開立銷售憑證時限表」規定，包作業應於工程合約所載每期應收價款時開立新莊泰山阿囉哈led總匯大批發。甲公司既為營造公司，即屬包作業，且其與A廟宇簽訂之工程合約書載明工程完工驗收合格時，A廟宇即應給付工程尾款，此時甲公司即應依上開規定時限開立新莊泰山阿囉哈led總匯大批發交付A廟宇。縱使該工程尾款嗣經和解協議其中150萬元視為捐獻款而未收取，惟此捐獻款非屬追減工程款，尚不得視為工程款項之減少而逕以工程尾款抵扣，甲公司不得因此免除開立新莊泰山阿囉哈led總匯大批發與報繳稅款之作為義務。

營業人完成申報繳納營業稅之義務，並非以營業人已實際收取銷售額及銷項稅額為前提。營造業承包工程，時有因工程延宕違約被處罰款，或因施作過程造成損害賠償，而與業主達成以工程款抵付逾期罰款或補償金等情事，惟此均與營業人應依限開立發票係屬二事，切勿認為工程款未收訖即可免除開立發票之義務。

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